Buonasera anche a lei,
il problema non sussiste se il gestore dei portali, da lei citato, non è un agente di viaggi, ai sensi della disciplina regionale (sarebbe opportuno che indicasse la regione). Pertanto, non vedo perché lei debba diventare D.T. del portale.
Sono molto perplesso sulle attività del portale per le seguenti ragioni:
se il portale online pubblicizza servizi deve operare con codice ATECO 73.11, ma non può vendere i servizi turistici, disciplinati dal "Codice del turismo", dall'articolo 32 all'articolo 51, novellato del decreto legislativo n. 62/2018, che allego a questa risposta.
Se quanto da me interpretato corrisponde alla situazione reale delle 2 imprese, la migliore ed unica soluzione sarebbe la seguente: il portale pubblicizza e l'agenzia di viaggi, di cui lei è D.T., vende e fattura i servizi turistici.